Қазақстандықтар Ұлы Отан соғысына дейін де тоталитарлық жүйенің нақты орталығы болып келді. Себебі қазақ халқының ашаршылық жылдары, ұжымдастыру кезеңі, қуғын-сүргін уақытындағы демографиялық өзгеріске ұшыратқан кеңестік дәуірдің терең саясатының бір көрінісін – Ұлы Отан соғысы жылдарында басқа ұлт өкілдерін күштеп шоғырландыру арқылы тағы да жүзеге аса түскенін байқатады.
Екінші дүниежүзілік соғыс кезінде гитлерлік әскер мен режимге жәрдемдесті деген сылтаумен Еділ бойындағы немістер, Солтүстік Кавказ, Қырым жағалауын мекендеуші біраз халықтар қудаланып, туған жерінен тыс, Қазақстан жеріне орналастырылды.
Ұлы Отан соғысы жылдарында қала аймағы біршама өзгерді. Материалдық және өндірістік ресурстарды Алматыға шоғырландыру үшін 45 мың шаршы метр өндірістік алаңдар босатылып, қоныс аударған 26 мыңнан астам адам мен олардың отбасыларын орналастыру мақсатында үй-жайлар дайындалды. Қоныс аударушыларға баспана беру үшін үй алдындағы бастырмаларды, оқу орындарының сынып бөлмелерін, аулалар мен бақтарды пайдалануға тура келді. Қоныс аударушылар ұлттық белгілеріне қарай бір-біріне жақын орналасуға тырысты. Үлкен станицада еврей халқының мәдениет қайраткерлері, Клевер көшесінде украиндар, батыс жақ көшелерде беларусьтар, орталықта мәскеуліктер тұрды.
Кеңес өкіметінің күштеп қоныс аудару саясатына алдымен кәрістер ілікті. Бұл науқанның алғашқы кезеңі 1935 жылы жүзеге асты. Жапон өкіметі соғыс тұсында шекара маңындағы кәрістерге сенімсіздікпен елдің ішіне қарай көшірсе, Кеңес үкіметі де жапон армиясына жасырын қызмет атқарулары мүмкін деген күдікпен кеңестік кәрістерді жер аударды. Кәрістерді жер аудару науқанының екінші кезеңі, 1937 жылы жалғасты. Онда Қиыр Шығысты мекендейтін кәрістердің 98 454 адамы бар 20 789 отбасы көшірілді. Осы жылдың соңына қарай Әзірбайжан, Армян республикаларынан шекараға жақын орналастырылған күрд, армян, парсы, түрік халықтарының кейбір өкілдері Қазақстанға жер аударылды. 1940 жылы республикаға 102 мыңдай поляктар орналастырылды.
1941 жылы Кеңес-Герман соғысы кезінде халықтарды жер аударудан Кеңес өкіметі, тоталитарлық жүйе ерекше «тәжірибе» жинақтады. Кеңес Үкіметі Президиуымының 1941 жылы 28 тамыз қаулысында Еділ бойында тұрып жатқан немістерді қоныс аударуға ұйғарды. Осы қаулыдан кейін Ленинград аймағынан 96000 мың адам немістер мен финдерді жер аудару көзделіп, олардың 15000 адамын Қазақстанға жіберуге ұйғарылған.
1941 жылдың 6 қыркүйегінен басталған күштеп көшіруге бес күннің ішінде Мәскеу қаласынан және Мәскеу облыстарынан 8617 немісті және Ростов облыстарынан 21400 немісті Қазақстанның Қарағанды (8000 адам), Қызылорда (8000 адам), Оңтүстік Қазақстан облыстарына (10017 адам) жер аударды.
1941–1945 жылдары КСРО-да 1,4 млн-дай неміс ұлтының азаматтары тұрған. Кейін соғыс басталғаннан кейін бұл этнос жан-жаққа күштеп таратылды және неміс автономиясы жойылды. 1941–1942 жылдары Қазақстанға немістердің 1 209 430 адамы қоныс аударылды.
Алматыға қоныс аударған балалар эшелондары келді. Жүдеп-жадаған, жуырда ғана бастарынан кешкен сұмдықтардан естері әлі жыйылмаған, баспаналары мен үйлерінен айрылған, жараларын таңып алған жас балалар қаланың көшелерінен өтіп жатты. Қалаға қоныс ауған балаларға көмек ұйымдастырылды. Алматының актив – әйелдер жиналысы Қазақ республикасының бүкіл әйелдеріне үндеу тастады: «Әйел жолдастар, бұл балаларды аналық қамқорлыққа алып, аялау – біздің борышымыз. Ата-аналарын жоғалтқан балаларға және өз үйіндей мекен, аналық күтім табуларына көмектесейік!» — деп жазды. Қоныс аударған балаларға арнап, Кіші станциядан жақсы жағдайластырылған интернат ашылды. Оны жабдықтауға қаланың көптеген кәсіпорындары атсалысты. Оған айтулы тәрбиеші әйелдер бөлінді. Жүздеген балаларды балалар үйлеріне орналастырылды, жұмысшылар мен қызметшілер өз үйлеріне асырап алды. Шаумян атындағы артель коллективі қоныс аударған балалардың аяқ киімдерін тегін жөндеп беріп отыруды міндетіне алды; тігін фабрикасының жұмысшы әйелдері олар үшін бес жүз бұйым жинап берді.
Екінші дүниежүзілік соғыс қарсаңында және соғыс жылдарында Қазақстанға жер аударылған корей, шешен, ингуш, түрік, болгар, Қырым татарлары және басқа халықтар мен этникалық топтар өкілдері соғыс кезінде және соғыстан кейінгі жылдары республика халық шаруашылығының барлық саласында еңбек етіп, оның өркендеуіне өз үлестерін қосты. Соғыстан кейін ақпан-наурыз пленумы бойынша да келген халықтар тұрақтап, еліміз көп ұлтты мемлекетке айналды.
Жер аударылған халықтардың басым көпшілігі өз Отандарына оралды. Десек те, атамекендерінде орын алған жағдайлардан олардың біраз бөлігі Орта Азия мен Қазақстанда орнығып қалды.