Известный ученый-историк, доктор исторических наук (1948), профессор (1949), член-корреспондент Академии Наук Казахской ССР (1962). Автор работ по этнографии, истории, литературе, правовым наукам, атеизму, истории культуры и искусства казахов, учебников и учебных пособий по истории Казахстана для средней школы. Награждён орденом и медалями СССР.
Ермухан Бекмаханов родился 15 февраля 1915 года в Баянаульском районе Павлодарской области. После окончания в 1937 году Воронежского педагогического института в России работал в научно-исследовательском институте при комиссариате народного просвещения КазССР. В годы Великой Отечественной войны он был начальником управления Республиканского комиссариата народного просвещения, одновременно занимался преподавательской деятельностью в высших учебных заведениях.
В 1946–1947 годах Е. Бекмаханов — заместитель по научной работе директора Института истории, археологии и этнографии при АН КазССР; с 1947 года до самой смерти (6 мая 1966 года) возглавлял организованную им самим кафедру истории Казахстана в Казахском государственном университете.
Научное наследие Е. Бекмаханова особо выделяется разносторонностью тем, широким охватом исторических вопросов и основательностью их решения. Началом его труда послужила монография, вышедшая в свет в 1947 году в Алматы на русском языке под названием «Казахстан в 20–40-е годы XIX века». По этой теме он защитил докторскую диссертацию в 1946 году в Москве.
В тот период, в обстановке всеобщей подозрительности, перегибов, искажений нашлись такие рецензенты, которые считали данный труд Е. Бекмаханова попыткой обосновать и оправдать движение под руководством Кенесары Касымова, выдвинули против него политические обвинения, объявили проповедником буржуазно-националистической идеологии. Споры вокруг труда Е. Бекмаханова усилились во второй половине 1947 года, но ученый стоял на своем. В 1947–1950 годах положение его стало крайне тяжелым, с каждым днем усиливались обвинения в его адрес, возрастало моральное давление. В 1951 году его уволили с работы в университете, исключили из рядов партии. Красная империя безжалостно наказала его за то, что он в своей книге охарактеризовал Кенесары Касымова как батыра, отдавшего свои силы и жизнь в борьбе за свободу народа.
Некоторое время Е. Бекмаханов преподавал историю в школе в Нарынкольском районе Алматинской области, вскоре устроился учителем в школу села Новотроицк, Шуйского района Жамбылской области. Здесь его и арестовали 5 сентября 1952 года. В течение двух месяцев шло расследование, а 3 ноября 1952 года на Е. Бекмаханова подготовили обвинительное заключение по делу № 699.
На основании этого обвинения по указу коллегии по уголовным делам Верховного Суда КазССР 2 декабря 1952 года Е. Бекмаханов был осужден на 25 лет и сослан в один из отдаленных лагерей ГУЛАГа.
В результате многочисленных его заявлений из лагерей в соответствующие органы и благодаря помощи отзывчивых людей, таких как общественный деятель, академик Анна Михайловна Панкратова, после расстрела Л. П. Берии дело Е. Бекмаханова было пересмотрено и закрыто 16 февраля 1954 года, а сам он был реабилитирован.
Несгибаемый ученый, несмотря на невыносимые мучения, испытанные им в лагерях ГУЛАГа, оставил богатое научное наследие, ставшее народным достоянием. После реабилитации он закончил труд «Присоединение Казахстана к России», начатый им еще до ГУЛАГа. Благодаря неоценимой помощи А. М. Панкратовой, этот труд вышел в свет в 1957 году в Московском издательстве «Наука» в объеме 30 печатных листов.
Е. Бекмаханов снова занял в обществе достойное место. Ему вернули организованную когда-то им самим кафедру. В 1964 году он был избран членом-корреспондентом АН КазССР. В последние 10 лет своей жизни он плодотворно работал, написал глубоко содержательные научные произведения, в том числе учебник по истории Казахской ССР для средних школ; участвовал в подготовке молодых ученых. Сегодня его ученики, достигнув ученых степеней докторов наук, продолжают научное дело своего наставника.
После получения Казахстаном суверенитета главный труд Е. Бекмаханова «Казахстан в 20–40-е годы XIX века» был реабилитирован и выпущен издательством «Қазақ университетi» (сейчас «Санат») на русском и казахском языках.
О Ермухане Бекмаханове вспоминает академик Шафик Чокин: «Выдающийся историк нашего народа Е. Бекмаханов не подчинился превратностям времени, это был правдивый ученый. Докторскую диссертацию защищал дважды, не потому, что труд был слабый, а потому, что из-за темы, связанной с Кенесары, на исследование был наложен запрет. В 1947 году в связи с 30 — летием Октябрьского восстания должно было состояться торжественное совещание Союзной Академии наук. Президент АН СССР Вавилов, позвонив по телефону Сатпаеву, просил назвать человека, который будет делать доклад от Казахстана. Каныш рекомендовал Бекмаханова. Присутствовавшие ученые были приятно удивлены докладчику, который сделал сообщение, не заглядывая в бумаги».