Всякие попытки имперских структур полностью привести Младший жуз в лоно российского влияния не увенчались успехом из-за скрытого нежелания облеченных властью родоправителей расстаться со своей обособленностью. Царские власти осенью 1797 года назначили ханом Младшего жуза престарелого Айшуака. Это вызвало резкий протест со стороны населения жуза, причем как правящей верхушки, так и средних и низших слоев. Различные группы населения подали прошение с просьбой поддержать не Айшуака, а авторитетного в жузе лидера, смелого и умного Каратая. Но именно высокие качества Каратая отталкивали от него российское правительство, которое опасалось его влиятельности.
Каратай еще в конце XVIII века возглавил антиколониальное движение за продление жизни института ханской власти. Он вел свое длительное противоборство вплоть да 1824 года, когда был введен в действие Устав «Об оренбургских киргизах», ликвидировавший ханскую власть и установивший систему территориального управления. С другой стороны неприятие назначенного хана перерастало в ярко выраженную злобу, заставлявшую трепетать Айшуака. Главные усилия Каратая, верховодившего многочисленным семейством и вовлекшего в свою борьбу многих своих братьев, были направлены против Айшуака. Кроме того, честолюбивого Каратая задел за живое и другой повод. При отборе новых кандидатур для вновь учреждаемого Ханского совета его опять обошли. Председателем стал его младший брат – Бокей. Каратая проигнорировали и при утверждении нового штата заседателей. По местным обычаям заседатели совета утверждались ханскими фирманами (указами), принимая во внимание мнение влиятельных чингизидов. Теперь же заседателей назначил губернатор Н. Н. Бахметев по предложению хана Айшуака. Гнев Каратая был вызван не столько частичной отменой губернатором прерогатив института ханской власти, сколько пренебрежением колониальной администрацией чингизидов.
Несмотря на выбор царских властей, Каратай и был фактическим лидером Младшего жуза. Его лидерство признала султанская партия дома Абулхаир-хана, признали старейшины родов Младшего жуза, признал народ. Чувствовал себя лидером жуза и сам Каратай. Он колесил по всем аулам, ратуя перед их жителями за перевыборы хана. Говорил, что его, Каратая, влияние охватывает обширные земли от берегов Урала до самой Эмбы. Каратай не был против российского самодержавия. Он лишь проявлял недовольство устроенным им фарсом с назначением немощного от старости Айшуака на ханскую должность. Больше того, Каратай всячески демонстрировал свою преданность царскому правительству. Но вот в свой час Айшуак умер, и … и царские власти поставили на место Айшуака его сына Жанторе. И это переполнило чашу терпения султана Каратая. Узнав о кандидатуре Жанторе, Каратай был уязвлен. Этот случай наложил неизгладимый отпечаток на его дальнейшую судьбу. Губернатор решился на рискованный шаг – по собственному почину пригласил Каратая и Жанторе в Оренбург, предлагая свои посреднические услуги. Это было первое и последнее свидание двух непримиримых. Объявив о выборе Жанторе в ханы, губернатор предложил Каратаю поздравить его. На что Каратай ответил, что Жанторе «…будет хорошим ханом в сундуке, а не в степи…», намекая на его трусость перед степными просторами, где обитают его подданные.
Возможно, Каратай вел бы себя сдержаннее, если бы не видел: практически весь Малый жуз – за него. Мало того, на своем съезде, состоявшемся в 1806 году, старейшины родов приняли решение сместить Жанторе, считая его никчемным и ненужным для себя, и провозгласить ханом Каратая. Однако официальным правителем жуза продолжал оставаться Жанторе. И с неизбежностью борьба за власть продолжалась. Каратай в целях очернения Жанторе, убеждал губернатора в тщетности поддержки его на ханском троне, утверждая, что народ не желает иметь его своим ханом. Жгучая ненависть подталкивала Каратая на непредвиденные шаги. Отчетливо предполагая, какой урон может нанести интересам России ограбление купеческих караванов в степных просторах, чувствуя себя неуязвимым, Каратай усиленно нападал на них. С его точки зрения это был верный ход. Он перекладывал ответственность за действия своих сообщников на плечи ханских аулов, и вину его почти невозможно было доказать.
Боясь крутого характера Каратая и народного гнева, Жанторе покинул степь и поселился вместе с подвластными ему аулами на границе Казахстана с Россией, рассчитывая на ее помощь в случае необходимости. Расчеты Жанторе были оправданы. Вызов, брошенный Каратаем персонально Жанторе, колониальная администрация расценила как признаки неповиновения и вызов, брошенный в ее адрес. Против строптивого «самозванца» выступили карательные экспедиции. Каратай-хан, пользуясь повсеместно поддержкой казахов, ответил на них набегами на приграничные районы России. Однако и это не было с его стороны проявлением ненависти к этой огромной стране – всего лишь ответной реакцией. Спустя два года, Каратай вновь попытался убедить царские власти в бесполезности для жуза Жанторе и в необходимости самого себя. Царская администрация сама прекрасно это видела. Каратай упорно не мог понять одного: русское самодержавие меньше всего волновали интересы казахов. И попытки Каратая убедить его ни к чему не приводили и не могли привести. И хан Каратай решился на крайнюю меру. Заговорщики во главе с Каратаем и тремя его братьями ночью ворвались в юрту Жанторе и убили его, нанеся более 20 ножевых ран. Гнев родственников убитого и репрессии колониальных властей вынудили опального правителя оставить на время Казахстан.
Ханом Младшего жуза был назначен другой сын покойного Айшуака – Шергазы, который, мстя за убитого брата, задался целью физически устранить Каратай-хана, и заодно избавиться от опасного конкурента. Тот был начеку, и найдя поддержку у народа, призвал всех казахов восстать против Шергазы.
Непокорный Каратай многие годы вел вооруженную борьбу с марионеточными ставленниками царских властей, а со временем стал – и с ними самими. Это сказывалось на торговых делах России, поддерживало Степь в состоянии постоянного брожения, смуты и недовольства царской администрацией. Для избавления от всех этих неприятностей и видя бесполезность своих стремлений обуздать «строптивого султана», российские власти решили пойти с ним на мировую. Со временем Каратай получил высокую чиновничью должность султана-правителя.
Умер Каратай-хан естественной смертью 3 июня 1826 года, похоронен на берегу реки Шадырты. Родственники и друзья Каратая соорудили над его могилой мавзолей из кирпича, который в 20-х годах ХХ века уже находился в полуразрушенном состоянии и до наших дней не сохранился.