Конец XVI и первая половина XVII в. занимают особое место в истории Западной Монголии. События этого времени подготовили и обусловили образование Джунгарского ханства. Государство ойратов в Джунгарии (1635–1758) на части территории современного Северо-Западного Китая. Ставка джунгарских ханов находилась в Илийской долине. В 1757–1758 гг. Джунгарское ханство завоевано маньчжурской династией Цин. В результате завоевания почти все население ханства было уничтожено.
Ойратские племена торгауыт, дорбыт, кушуыт, чорос, оставшиеся в Джунгарии, объединились в единое государственное образование — Джунгарское ханство — в середине 30-х гг. XVII в., в первый год правления сына Хара-Хулы Хото Хучина, принявшего титул от далай-ламы Эрдэни Батур Хунтайджи (1635–1654). До этого часть ойратов продвинулась на запад, завоевывая новые земли, вернее, занимая их и перекочевывая на них. Образование Джунгарского ханства происходило как под влиянием личных качеств Батур Хунтайджи, так и под влиянием объективных процессов феодализации, подспудно развивавшихся в монгольском обществе. Предприимчивость, дальновидность Хото Хучина также сыграли свою роль в сплочении ойратских племен. Образование Джунгарского ханства как централизованного и мощного государства влияло на характер казахско-джунгарских отношений. В целом эти отношения определялись соотношением сил между Джунгарским и Казахским ханствами.
Борьба между казахами и ойратами за богатые и обильные пастбища, которые служили единственным источником существования кочевых скотоводческих обществ, шла с переменным успехом на протяжении всего XVII века. И к началу XVIII века соперничество двух кочевых государств достигло апогея. Однако силы были неравными. Внутренняя междоусобица политической элиты казахов была главным препятствием объединения сил против внешних завоевателей.
Жангир-хан, отец Тауке-хана, с переменным успехом провел три крупных сражения с джунгарскими войсками в 1635, 1643 и 1652 годах. Казахское ханство вплоть до смерти хана Тауке в 1718 году сдерживало натиск джунгарских завоевателей. После смерти хана Тауке, при правлении которого началось объединение казахских улусов и казахи владели 32 городами, снова усилились центробежные тенденции. Что касается Джунгарского ханства, то оно к этому времени было строго централизованным государством со всеми атрибутами военно-кочевой демократии, на становление которой относительное влияние оказала политика агрессии Цинской империи в отношении ойратов.
По данным сибирских летописей, на рубеже XVI и XVII веков ойратские владения простирались до района современного города Омска.
Важную роль в племенном союзе к этому времени стал играть правитель Чоросского княжества Хара-Хула (в русских документах «Каракула», «Каракула-тайша»). Он кочевал в верховьях Иртыша. До 1619 года он не вступал в контакты с русскими властями. Силой оружия и средствами дипломатии Хара-Хула медленно, но неуклонно укреплял свое могущество, подчиняя правителей соседних ойратских владений. Постепенная он сконцентрировал в своих руках всю власть и встал во главе ойратов.
Готовясь к захвату новых земель, Хара-Хула стремился обезопасить свои тылы и заручиться поддержкой русского царя, для чего впервые направил в 1619 году специальную миссию в Москву. 29 января 1620 года послы Хара-Хулы на приеме у русского царя Михаила Федоровича объявили, что их повелитель и его родственники со всеми улусами готовы перейти под покровительство «высокой руки» великого государя и быть под его защитой. Спустя месяц джунгарским послам была дана «жалованная грамота» о принятии Хара-Хулы в русское подданство. «И мы, великий государь, тебя, Каракулу-тайша, и твоих улусных людей пожаловали, в нашу царскую милость и во оборону приняли, и в нашем царском жалованье и призренье держать вас хотим, и от недругов ваших сибирским воеводам нашим оберегать велели», — говорилось в этом документе.
В начале осени 1620 года уже в степи полыхала новая война между ойратами и Алтын-ханом. Летом 1621 года побывавшие в междуречье Оби и Иртыша русские разведчики сообщали, что там «кочуют черные колмаки: Талай-тайша, да Бабаган-тайша, да Мерген-тайша, да Шукур-тайша, да Саул-тайша и иные многие тайши со всеми своими улусы, потому что де задрали черные колмаки Каракул-тайша, да Мерген-Теменя-тайша Алтына-царя. И Алтын де царь их побил и идет де на черных калмаков войною, и те де тайши потаму кочюют меж Оби и Иртыша…» Имена ойратских предводителей, искаженные в русском документе, вероятно, обозначали главу дэрбэтов Далай-тайшу, Мерген-Тэмэнэ-тайшу, сына Хара-Хулы чоросского Чохур-тайшу и, возможно, хошоутского Баба-хана.
В первой четверти XVII века ойраты (телеуты) мигрировали на юг, в пределы Алтайского края. Умер Хара-Хула около 1635 года, незадолго до образования западными монголами-ойратами своего собственного государства — Джунгарского ханства.
В 1635 году союз ойратских (калмыцких) племен создает Джунгарское ханство на территории Джунгарии. Главой нового государства становится хунтайджи (Великий Правитель) Батур (правил до 1653 года). В 1640 году ойратские ханы провели курултай, на котором приняли документ под названием Ик Цааджн Бичг (Великое Степное Уложение), регулировавшее правовые отношения. Среди прочего, это уложение установило буддизм в качестве религии ойратов (калмыков).
Во второй половине XVII в. взаимоотношения России и Джунгарского ханства были по большей части враждебными. Джунгарское ханство препятствовало развитию непосредственных торговых и дипломатических отношений России и Китая, блокируя наиболее прямые пути и вынуждая русские экспедиции использовать для связей северные и восточные маршруты.
Позднее обширные территориальные претензии ойратских ханов в Сибири, бесконечные споры по поводу права сбора дани, стремление джунгар воспрепятствовать присоединению Сибири к России — вот что побуждало царское правительство противодействовать укреплению позиций джунгар в Казахстане и делать все возможное, чтобы не допустить джунгаро-казахского сближения, не дать Джунгарскому ханству усилиться.
Хотя известно, что крупные столкновения в XVIII веке между казахами и ойратами имели место и ранее (1708, 1709–1710, 1717), самым трагичным событием для казахов стал 1723 год, сохранившийся в памяти народа как «Год Великого Бедствия». Основательно подготовленное джунгарское войско во главе с бахадуром Шуно Дабо и военачальником Амурсаной, наступая через Алатау, наголову истребили мужчин и женщин, девушек увели в плен. Застигнутые врасплох в раннюю весну, казахи Старшего и Среднего жузов, бросая скот и имущество, отступили на запад, юг и север. Многие из них расположились в местности Алкаколь. По некоторым подсчетам, в «Год Великого Бедствия» казахский народ потерял около 40% своего состава. С учетом того, что к началу XVIII века население Казахстана составило примерно 2–3 млн. человек, это цифра достигает, по крайней мере, 1 млн. жертв.
Переходы в Среднюю Азию и другие места, влекли за собой неминуемое разорение и гибель. Судьба народов Средней Азии могла быть еще трагичнее, если бы не нашлись в казахской степи силы, способные не только остановить, но и изгнать завоевателей. Дело спасения страны взял на себя сам народ, выдвинув из своей среды выдающихся организаторов и предводителей — Богенбая, Кабанбая, Тайлака, Санырыка (Саурыка), Жаныбека, Малайсары, Отегена и многих других. В отражении джунгарской агрессии первостепенную важность сыграло осознание родоплеменной знатью и верхами политического руководства необходимости единения во имя свободы нации и независимости государства. Не последнюю роль в этом нелегком процессе политической мобилизации сил сыграли такие общественные и политические деятели как Толе би, Казыбек би и Айтеке би.
В 1726 году в местности Ордабасы близ города Туркестана состоялось собрание представителей казахских жузов, которые приняли решение об организации народного ополчения. Главой и предводителем ополчения был избран правитель Младшего жуза Абулхаир хан.
Успешному для казахов ходу войны способствовали также вспыхнувшие в Джунгарии усобицы, вызванные борьбой за ханский престол между сыновьями Цэван-Рабтана, и начавшаяся вскоре после этого третья джунгаро-цинская война. По этой причине Джунгарское ханство, подвергшееся нападению со стороны Цинской империи, вынуждено было на своих западных границах перейти к обороне.
В победоносном завершении 200-летней войны казахского народа с джунгарами важную роль сыграла Аныракайская битва (1729)
Джунгары потерпели поражение, однако, вследствие вспыхнувших между казахскими ханами Абулмамбетом, Самеке и Абулхаиром разногласий по вопросу о том, кому быть старшим ханом трех жузов, казахи не смогли воспользоваться военными и политическими результатами этой победы и развить успех. После ухода ополчения Младшего и Среднего жузов остальные войска также разошлись.
Казахский народ ценой огромных потерь и чрезвычайного напряжения сил отстоял политическую независимость и территориальную целостность, однако так и не смог в ходе войны возвратить захваченные Батуром Хунтайджи и Галданом Жетысу и некоторые другие земли.
Последствия джунгарского вторжения в Казахстан и Среднюю Азию были трагическими. Опустели города, пришли в упадок торговля и ремесла. Оказались нарушенными традиционные циклы и маршруты перекочевок, деформирована структура экономических связей между кочевыми скотоводческими районами Казахстана и ремесленными и земледельческими центрами Средней Азии. На некоторое время часть населения Старшего жуза оказалась в зависимости от джунгарских феодалов, что еще больше ослабило экономические и политические связи казахских жузов, усилило процесс политической разобщенности в Казахстане.
Отечественная война 1723 — 1730 годов казахского народа против джунгарской агрессии оказалась наиболее ярким героическим событием в истории казахского государства. Народу пришлось перенести всю горечь поражений, большие потери и глубоко осмыслить происходящее. Война потребовала мобилизации всех материальных ресурсов, стойкости духа, сплочения многочисленных родов. И правильная организация отпора противнику привела к победе.
Внешняя политика Джунгарского ханства носила двойственный характер: с одной стороны, ойраты сдерживали и почти в течение ста лет отбивали вторжения в Центральную Азию Цинской империи, вели на своих восточных рубежах оборонительную и в целом справедливую войну за свое независимое государственное существование. В то же время по отношению к своим тюркским соседям на западе — Казахстану, а также Киргизии и Узбекистану, джунгарские феодалы проводили захватническую политику. Борьба казахского, узбекского и киргизского народов носила освободительный характер. Основную тяжесть этой борьбы вынесли казахские жузы, сдерживавшие завоевательные устремления ойратских феодалов не только в Средней Азии, но и в Сибири. Одновременно частые вторжения казахских войск на территорию Джунгарии и разорение ойратских кочевий способствовали ослаблению Джунгарского государства.
Воспользовавшись междоусобицами среди ойратских князей, Цинская империя в 1757–1758 гг. буквально стерла с лица земли Джунгарское ханство и его население. Лишь несколько десятков тысяч ойратов и алтайцев спаслись под защитой русских крепостей.
После завоевания империей Цин Джунгарского и Яркендского ханств в 1757 г. границы китайского государства подступили к территориям современного Казахстана. В это же время Центральная Азия стала зоной интересов Российской империи. В первой половине XVIII в. состав Российской империи вошли Малый и Средний жузы. После завершения присоединения восточных казахских земель (Старшего жуза) к России (1822–1882) встал вопрос о взаимных границах Российской и Цинской империй.
В эпоху правления династии Цин были подписаны три главных документа, относящихся к российско-китайской границе: Пекинский дополнительный договор от 2 ноября 1860 года, Чугучакский протокол от 25 октября 1864 года и Санкт-Петербургский договор от 12 февраля 1881 года. Первый из них наметил лишь общее направление границы, а второй определял прохождение границы по основным общеизвестным географическим ориентирам. В 1881 году Россия возвратила Китаю Илийский край, в связи с чем требовалось уточнить границу от Джунгарских Ворот до территории Киргизии, а также в районе озера Зайсан. В дополнение к этим основополагающим документам представителями синьцзянских провинциальных властей, с одной стороны, и Омской и Верненской администраций — с другой, были составлены и подписаны Хабарасуский протокол (1870), Бараталинский протокол от 16 октября 1882 года, Майкапчагайский протокол от 31 июля 1883 года, Алкабекский протокол от 23 августа 1883 года, Тарбагатайский (Чугучакский) протокол от 21 сентября 1883 года. Таким образом, линия границы была юридически оформлена в полном объеме.